Génétique | AAPPMA La Gaule Tarine

La truite fario (Salmo trutta fario) est une espèce emblématique de nos rivières. Pourtant, derrière ce nom commun se cachent deux grandes lignées génétiques : la truite fario méditerranéenne (MED) et la truite fario atlantique (ATL). Chacune s’est adaptée à son bassin naturel au fil des millénaires, développant des caractéristiques uniques liées au climat, au débit des rivières et aux conditions environnementales.

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Truite méditerranéenne capturée à Aigueblanche (73)

© AAPPMA de Marignac
Truite atlantique

Pendant des décennies, des millions de truites atlantiques issues de pisciculture ont été déversées dans des cours d’eau méditerranéens. Cette pratique a entraîné une hybridation, c’est‑à‑dire la reproduction entre truites atlantiques et méditerranéennes. Lorsque les gènes ATL se transmettent durablement dans les générations suivantes, on parle d’introgression.

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Truite introgressée à 63% par des gênes de truite atlantique capturée à Aigueblanche (73)

Aujourd’hui, dans certains bassins, les truites atlantiques ont quasiment remplacé les populations locales, avec parfois plus de 90% de gènes ATL identifiés dans des zones historiquement méditerranéennes. La conséquence est une perte de diversité génétique et donc une baisse de l’adaptation naturelle des truites aux conditions locales (débits faibles, étés chauds, épisodes de sécheresse).

Préserver la génétique des truites méditerranéennes est essentiel pour maintenir des populations résistantes, adaptées et durables. Cela passe par l’arrêt des alevinages non adaptés, la restauration de la continuité écologique et la surveillance génétique régulière.

Ce sujet est central pour la gestion piscicole moderne, la biodiversité et l’avenir de nos rivières.

Jusqu'en 2023, nous sélectionnions nos géniteurs sur la base de leur robe, mais les premières analyses génétiques réalisées en 2024 sur nos géniteurs ont mis en évidence que la sélection basée sur le phénotype des truites (leur robe) n'était pas suffisant pour sélectionner uniquement des truites non hybridées.

En effet, les truites présentant des caractéristiques physiques des truites atlantiques étaient effectivement hybridées avec des gênes atlantiques ; mais des truites apparaissant visuellement comme de la souche locale se sont avérées être pour certaines porteuses de nombreux gênes atlantiques ; résultat de l'introgression dans la population locale.

La vérification génétique est donc une nécessité pour préserver la souche locale.

Courant 2025, nous avons procédé à la capture de nouveaux géniteurs potentiels dans le milieu naturel. Une présélection a été réalisée sur la base de leur robe. Elles ont ensuite été prélevées et analysées par les laboratoires compétents.

Les analyses génétiques réalisées nous ont permis de sélectionner les géniteurs avec le meilleur potentiel pour les fécondations réalisées dans notre écloserie. Les études réalisées avec les équipes du Professeur Berrebi sont présentées ci-dessous.

Rapport d'étude TARI 1

Rapport d'étude TARI 2

Les premières études ont permis de mettre en évidence plusieurs informations clés sur notre souche locale :

il y a une similitude génétique entre les truites prélevées en 2025 sur l'Isère à l'aval d'Aigueblanche, et les truites de l'Isère en amont prélevées en 2010, donc hors rempoissonnement et forte mortalité, les peuplements sauvages sont génétiquement stables et nous avons toujours des géniteurs propres dans la nature ;
le rapprochement visuel entre le polygone rose des truites issues de la reproduction dans notre pisciculture en 2022 et le polygone noir des truites atlantiques confirment l'introduction de géniteurs partiellement hybridés les années précédentes (confirmant de ne pas se positionner que sur la robe.

Et la suite alors ? Afin de contrôler l'amélioration de la génétique des truites sauvages à force d'aleviner avec les alevins produits dans notre écloserie, en 2026, nous allons mener une étude pour représenter l'état génétique moyen de la rivière, et nous poursuivrons la capture de nouveaux géniteurs potentiels afin de maximiser le brassage génétique dans notre écloserie.

Génétique et génomique

« Celui qui pêche en rivière de montagne apprend vite que la patience est une forme de sagesse, et l’échec une leçon d’humilité. »